ところどころ挙動がおかしかったのと
どうみてもIEとFireFoxでの挙動が違ったみたい(汗
気付かなかったorz
てことで修正版です。
ほんとすんません(;´Д`)
<pre>
<script type="text/javascript">
function keika(year,month,day){
	//day-1とすれば初日が1日目となります。デフォルトでは初日は経過日数は非表示となります。
  var hurai=new Date(year,month-1,day);
  var toge=new Date();
  var nami=new Date(toge.getFullYear(),toge.getMonth(),0);
  var akebono,seguro,tonosama;
  var misuji=0;
  var hatatate=0;
  if(toge.getDate()>=hurai.getDate()){
    tonosama=toge.getDate()-hurai.getDate();
  }else{
    if(nami.getDate()>=hurai.getDate()){
      tonosama=(nami.getDate()-hurai.getDate())+toge.getDate();
    }else{
      tonosama=toge.getDate();
    }
    hatatate=1;
  }
  if(toge.getMonth()-hatatate>=hurai.getMonth()){
    seguro=toge.getMonth()-hatatate-hurai.getMonth();
  }else{
    seguro=12+toge.getMonth()-hatatate-hurai.getMonth();
    misuji=1;
  }
  akebono=toge.getFullYear()-misuji-hurai.getFullYear();
  var hyoji="";
  if(akebono>0)hyoji="<b><FONT COLOR=#0088ee>"+akebono+"</font></b>年";
  if(seguro>0)hyoji=hyoji+"<b><FONT COLOR=#0088ee>"+seguro+"</font></b>ヶ月";
  if(tonosama>0)hyoji=hyoji+"<b><FONT COLOR=#0088ee>"+tonosama+"</font></b>日目";
  return(hyoji);
}
document.writeln("生体名や開始日なんかを記入<br/>"+"現在:"+keika(2009,11,3)+"<br/>");
document.writeln("生体名や開始日なんかを記入<br/>"+"現在:"+keika(2009,10,26)+"<br/>");
document.writeln("生体名や開始日なんかを記入<br/>"+"現在:"+keika(2009,10,26)+"<br/>");
/*
 * 上の部分のkeika(2009,11,3)の部分の
 * 括弧の中に開始日を半角で記入カンマで区切ります。(必須入力)
 */
</script>
</pre>

修正箇所ですが

preタグを使用してるくせに
document.writeとしてしまってたのを
document.writelnに修正。

pタグをやめてbrタグのみに変更。

あとは同じかな?